« Ma vendeuse m'envoie un arrêt de travail de 5 jours par SMS un lundi matin, je fais quoi ? Je dois la payer ? Je peux vérifier que c'est vrai ? » Dans une TPE, l'arrêt maladie d'un salarié n'est jamais un simple contretemps : c'est un poste vacant du jour au lendemain, et une série d'obligations précises pour l'employeur, entre Sécurité sociale et complément de salaire.
Bonne nouvelle : les règles sont claires une fois qu'on les connaît. Voici ce que vous devez faire, ce que vous devez payer, et ce que la loi a changé récemment sur les congés payés pendant l'arrêt.
Que doit faire le salarié qui tombe malade ?
Le salarié doit transmettre son avis d'arrêt de travail à sa caisse d'assurance maladie (CPAM) dans un délai de 48 heures (les volets 1 et 2 du formulaire, le volet 3 étant pour vous). Un envoi tardif peut réduire ou retarder ses indemnités journalières.
Côté employeur, le Code du travail ne fixe pas de délai uniforme pour vous prévenir : c'est en général votre règlement intérieur ou votre convention collective qui impose un délai (souvent 48 heures également). En pratique, exigez toujours le volet 3 de l'arrêt ou une copie, pour deux raisons : déclarer l'absence à votre organisme de prévoyance si vous en avez un, et savoir dès le premier jour si vous devez organiser un remplacement.
Les indemnités de la Sécurité sociale : montant et délai de carence
La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS) au salarié, mais pas dès le premier jour : un délai de carence de 3 jours s'applique (article L323-1 du Code de la sécurité sociale), sauf en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, où il n'y a aucune carence.
L'indemnité journalière représente 50 % du salaire journalier de base (moyenne des 3 derniers mois de salaire brut, dans la limite d'un plafond). Pour un arrêt prescrit à compter de février 2026, le montant maximum est de 41,95 € bruts par jour.
| Élément | Règle |
|---|---|
| Délai de carence Sécurité sociale | 3 jours (0 jour si accident du travail / maladie professionnelle) |
| Point de départ du versement | 4e jour d'arrêt |
| Montant de l'IJSS | 50 % du salaire journalier de base, plafonné |
| Carence renouvelée ? | Oui à chaque nouvel arrêt, sauf prolongation ou reprise de moins de 48 h |
Le maintien de salaire par l'employeur : qui, combien, combien de temps ?
En plus des IJSS, vous devez verser un complément de salaire à tout salarié ayant au moins 1 an d'ancienneté (article L1226-1) — sauf si votre convention collective prévoit une condition plus favorable, ce qui est fréquent dans le commerce et la restauration : vérifiez toujours la vôtre.
Ce complément suit un barème légal minimal :
- une carence employeur de 7 jours s'applique d'abord (distincte de la carence Sécurité sociale) — sauf accident du travail ou maladie professionnelle, où elle disparaît aussi ;
- puis 90 % du salaire brut pendant les 30 premiers jours ;
- puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants.
Ces durées augmentent de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté au-delà de la première année. Là encore, beaucoup de conventions collectives suppriment la carence de 7 jours ou allongent ces durées : le minimum légal n'est souvent qu'un plancher.
La subrogation : simplifier le versement au salarié
Sans subrogation, le salarié touche directement ses IJSS de la CPAM, et vous lui versez votre complément à part — deux flux, deux calendriers, et un salarié qui doit avancer sa trésorerie en attendant la Sécu. Avec la subrogation, c'est l'inverse : vous continuez à verser le salaire habituel (IJSS + complément) aux dates habituelles de paie, et c'est la CPAM qui vous reverse directement les IJSS.
C'est la pratique la plus simple pour une petite équipe : le salarié n'a rien à gérer, et vous n'avez qu'un seul bulletin de paie à établir. Pensez à l'indiquer sur l'attestation de salaire transmise à la CPAM.
Congés payés pendant l'arrêt : ce qui a changé en 2024
C'est le point le plus mal connu, et il a été bouleversé par la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, qui a mis le droit français en conformité avec le droit européen. Avant cette loi, un salarié en arrêt maladie non professionnel n'acquérait aucun congé payé pendant son absence. Ce n'est plus le cas :
- pour une maladie ou un accident non professionnels, le salarié acquiert désormais 2 jours ouvrables de congé par mois d'arrêt, dans la limite de 24 jours ouvrables (4 semaines) par période de référence ;
- pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, l'acquisition reste au taux normal de 2,5 jours ouvrables par mois.
Autre nouveauté : un salarié qui n'a pas pu prendre tous ses congés à cause d'un arrêt maladie bénéficie d'un report de 15 mois, qui ne démarre qu'à partir du jour où vous l'informez de son solde de congés à son retour. Tant que cette information écrite n'a pas été donnée, les congés ne se périment pas — documentez-la systématiquement.
Cette réforme s'applique aussi de façon rétroactive aux arrêts entre décembre 2009 et avril 2024 : un ancien ou actuel salarié peut réclamer les jours non acquis à l'époque, dans un délai de 2 ou 3 ans selon qu'il est toujours dans l'entreprise ou non. Si le sujet des congés payés reste flou pour votre équipe, notre article sur le décompte en jours ouvrables ou ouvrés pose les bases, celui sur le calcul des jours de congés acquis reprend l'ensemble des règles d'acquisition, et notre simulateur de congés payés gratuit fait le calcul.
Pouvez-vous contrôler un salarié en arrêt maladie ?
Oui, si vous maintenez tout ou partie de son salaire. Vous pouvez faire réaliser une contre-visite médicale par un médecin de votre choix, à son domicile ou sur convocation à son cabinet, dont les modalités ont été précisées par un décret du 5 juillet 2024. En cas de visite à domicile, vous n'avez pas à prévenir le salarié à l'avance.
Si le salarié est absent lors du contrôle ou refuse de s'y soumettre, la sanction possible est la suspension de votre complément de salaire — jamais un licenciement fondé sur ce seul motif. Même si le médecin contrôleur juge l'arrêt injustifié, vous ne pouvez pas licencier le salarié pour cette seule raison : seule la Sécurité sociale peut suspendre ses IJSS suite à ce contrôle.
Peut-on licencier un salarié en arrêt maladie ?
Le licenciement fondé sur l'état de santé du salarié est interdit et discriminatoire. Vous ne pouvez pas non plus le licencier simplement parce qu'il est absent. La seule voie possible, très encadrée par la jurisprudence, est le licenciement pour désorganisation avérée de l'entreprise nécessitant son remplacement définitif — un motif difficile à établir dans une équipe de quelques personnes, et qui suppose un remplacement réel et durable, pas un simple recours à l'intérim ponctuel. En cas de doute, faites-vous accompagner avant d'agir : une erreur ici expose à un contentieux prud'homal quasi systématiquement gagné par le salarié.
En pratique : gérer un arrêt maladie sans erreur
Dans une petite équipe, chaque arrêt maladie doit être tracé pour ne pas se retrouver à recalculer des mois plus tard un solde de congés ou un complément de salaire oublié. Trois réflexes :
- Enregistrez chaque arrêt comme une absence datée, dès réception, plutôt que sur un post-it ou dans un fil de discussion. Un module de gestion des congés et absences garde une trace de chaque arrêt, avec ses dates de début et de fin, visible immédiatement sur le planning de l'équipe.
- Suivez l'ancienneté et les durées de maintien de salaire de chaque salarié : au-delà d'un an d'ancienneté, les seuils (30 jours à 90 %, 30 jours à 66,66 %) évoluent avec les tranches de 5 ans. Un suivi des heures et des contrats à jour évite de se tromper de barème au moment de la paie.
- Transmettez l'arrêt et son complément à votre comptable comme n'importe quelle variable de paie du mois, avec les dates exactes et le régime applicable (maladie simple ou accident du travail). Notre article sur les données à transmettre à votre comptable détaille ce qu'il attend chaque mois.
FAQ : vos questions sur l'arrêt maladie d'un salarié
Dois-je payer un salarié en arrêt maladie dès le premier jour ? Non. La Sécurité sociale applique une carence de 3 jours, et votre complément de salaire (si le salarié a 1 an d'ancienneté) applique en plus une carence de 7 jours, sauf disposition plus favorable de votre convention collective.
Un salarié en arrêt maladie continue-t-il à acquérir des congés payés ? Oui, depuis la loi du 22 avril 2024 : 2 jours ouvrables par mois (plafond 24 jours/an) pour une maladie non professionnelle, 2,5 jours par mois sans plafond pour un accident du travail ou une maladie professionnelle.
Puis-je exiger qu'un salarié en arrêt reste chez lui à certaines heures ? Oui, sauf sortie autorisée par le médecin, le salarié doit être présent à son domicile de 9h à 11h et de 14h à 16h (y compris week-ends et jours fériés) pour permettre un contrôle, sauf soins ou rendez-vous médicaux justifiés.
Que se passe-t-il si le salarié ne m'envoie jamais son arrêt ? Vous pouvez considérer l'absence comme injustifiée tant que vous n'avez reçu aucun justificatif, et engager une procédure disciplinaire en conséquence — mais laissez toujours un délai raisonnable et réclamez le document avant d'agir. Voir notre article dédié sur la procédure à suivre face à une absence injustifiée, avec le détail de la mise en demeure et de la présomption de démission.
La subrogation est-elle obligatoire ? Non, c'est une option pratique, pas une obligation légale. Sans elle, le salarié perçoit directement ses IJSS de la CPAM en plus de votre complément versé séparément.
